Cà phê arabica lần đầu tiên được mô tả một cách khoa học bởi Antoine de Jussieu, người đã đặt tên cho nó là Jasminum arabicam sau khi nghiên cứu một mẫu vật từ Vườn bách thảo Amsterdam . Linnaeus đặt nó trong chi Coffea của chính nó vào năm 1737.

Coffea arabica là loài đa bội duy nhất của chi Coffea , vì nó mang 4 bản sao của 11 nhiễm sắc thể (tổng cộng 44) thay vì 2 bản sao của các loài lưỡng bội. Cụ thể, bản thân Coffea arabica là kết quả của sự lai tạo giữa Coffea canephora và Coffea eugenioides lưỡng bội, do đó làm cho nó trở thành thể dị bội, với hai bản sao của hai bộ gen khác nhau. Sự kiện lai tạo này ở nguồn gốc của Coffea arabica được ước tính từ 1,08 triệu đến 543 nghìn năm trước và có liên quan đến việc thay đổi điều kiện môi trường ở Đông Phi.

Ghi chép đầu tiên về cà phê được làm từ hạt cà phê rang (hạt thực vật) đến từ các học giả Ả Rập, họ đã viết rằng nó rất hữu ích trong việc kéo dài thời gian làm việc. Sự đổi mới của người Ả Rập ở Yemen trong việc sản xuất đồ uống từ hạt rang, ban đầu được lan truyền giữa người Ai Cập và người Thổ Nhĩ Kỳ, và sau đó lan rộng ra khắp thế giới. Các học giả khác tin rằng cây cà phê được du nhập từ Yemen, dựa trên truyền thống của người Yemen rằng cả Cà phê và Khát đều được trồng tại ‘Udein’ (‘hai cành cây’) ở Yemen vào thời kỳ tiền Hồi giáo. Sản xuất cà phê Arabica ở Indonesia bắt đầu vào năm 1699 thông qua sự lan rộng thương mại của Yemen chẳng hạn như Sumatra và Java, được biết đến với cơ thể nặng và độ acid thấp. Điều này khiến chúng trở nên lý tưởng để pha trộn với các loại cà phê có độ acid cao hơn từ Trung Mỹ và Đông Phi.